Retratos, paisagens e marinhas são predominantes na obra de José Pancetti. Como outros grandes pintores brasileiros, ao artista interessa antes de mais nada o ofício da pintura: o domínio das cores, das pinceladas e da composição pictórica na construção de um estilo próprio e pessoal, ainda que influenciado por grandes mestres, sejam eles clássicos ou modernos. Assim, como Portinari ou Di Cavalcanti, Pancetti emprega cores e pinceladas modernas em seus trabalhos, com influências de Paul Gauguin e Cézanne; e da minuciosa composição espacial aprendida nas lições dos mestres renascentistas.
Sua experiência como marinheiro e suas viagens pelo litoral brasileiro contribuíram para que as marinhas se tornassem o gênero mais bem desenvolvido e conhecido de sua produção. O artista pinta cenas de praia de Itanhaém, Mangaratiba, Cabo Frio e Arraial do Cabo, entre outras cidades. São composições sóbrias e silenciosas nas quais mar, areia e céu são massas horizontais de cores com texturas e variações de tons, entremeados por poucos elementos, como pescadores, redes e barcos.
Após fixar residência na Bahia, na década de 1950, suas marinhas ganham cores mais vivas e vibrantes, enfatizando o contraste entre as águas escuras, a areia branca e os tecidos coloridos das lavadeiras.